Το έναυσμα για την δημιουργία του Προγράμματος δόθηκε από τη λειτουργία του ΠΜΣ ERASMUS Master in Health Informatics (1990), στο Τμήμα Νοσηλευτικής, το οποίο ήταν ένα από τα πρώτα στην Ελλάδα.
Στη συνέχεια το Έργο αποτέλεσε την αναδιάρθρωση και ενίσχυση του Μεταπτυχιακού Προγράμματος του Τμήματος Νοσηλευτικής (ΦΕΚ 248-7/4/1994 και ΦΕΚ 306-7/5/1996) στις ειδικεύσεις: «Οργάνωση και Διοίκηση Υπηρεσιών Υγείας» και «Πληροφορική Υγείας» με σκοπό την παραγωγή στελεχών, τα οποία θα είναι σε θέση να διοικήσουν αποτελεσματικά το σύστημα και τις μονάδες υγείας με βάση την εκπαίδευσή τους στις σύγχρονες μεθόδους Οργάνωσης, Διοίκησης και Πληροφορικής Υγείας.
Από το Ακαδημαϊκό Έτος 1998-1999 εγκρίθηκε η λειτουργία του Διατμηματικού – Διαπανεπιστημιακού Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών ‘Οργάνωση και Διοίκηση Υπηρεσιών Υγείας – Πληροφορική Υγείας’ (ΦΕΚ 1085/16-10-98).
Στη συνέχεια το 2003 έγινε τροποποίηση (ΦΕΚ 1200/26-8-2003), το 2014 αναμόρφωση του Προγράμματος (ΦΕΚ 3675/31-12-2014) και το 2018 επανίδρυση (ΦΕΚ 3279 /8-8-2018) με τον τίτλο: Διιδρυματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών ‘Οργάνωση και Διοίκηση Υπηρεσιών Υγείας – Πληροφορική Υγείας’.